由於政府環境保護局推動垃圾費隨袋徵收政策，原來隨自來水費附徵之垃圾費同時停徵，這些人無法使用這個服務。
一般家戶請電話向各區清潔隊或環保局網路申請預約，環保局受理水肥抽運需現場查驗是否有自來水費單附徵代清除處理費之程序。清除處理費是按用水量計算徵收，即代徵清除處理費=用水量＊各縣市公告之徵收費率，而非協助處理化糞池的費用。至於化糞池，環保局自民國91年起逐步公告列管未接管之機關、學校及大樓，應每年清理化糞池，未依規定辦理者將依廢棄物清理法處1,200元至6,000元罰款。目前水肥清運價格，每車（約抽肥1.5噸）約1,500元~1,800元。