益生菌能調節免疫系統只有做過動物實驗，並無相關人體研究，並不建議病患自行服用。
益生菌能整腸助消化，對於改善免疫疾病患者的腸胃道、過敏症狀有療效，能緩解便秘、氣喘、鼻過敏或皮膚癢。但要調節免疫系統，則因證據仍不足，不建議病人普遍使用，更不宜貿然停止原本藥物，使用前須諮詢醫師，依病情和種類評估，且服用後抽血觀察疾病變化，比較安全。