對於多處轉移之末期病患：冷凍消融跟熱消融一樣，屬於局部治療，唯有腫瘤僅侷限於少數或單一器官的病患，才能得到明顯治療的好處。常見併發症為術後出血，凝血異常，血小版破壞，疼痛，治療之器官損傷（如肝治療時膽道損傷或腎治療時血尿等），肺臟併發症或感染，共約15%可能性。治療攝護腺時，尿失禁之比率約為小於10%，直腸瘻管之機率為0%~3%。冷凍消融有時會出現一種嚴重全身性併發症，叫冷休克（cryoshock），有會造成休克及多發器官衰竭，目前認為跟治療中產生過量有害自由基有關，約3-4%。